يضم المركز أضخم مكتبة متخصصة فى مجال الدراسات الشرقية على مستوى الجامعات المصرية حيث تحتوى على مجموعات نادرة من المصادر والمراجع بالإضافة إلى ما تحتويه من كتب حديثة فى هذه اللغات . وتنقسم المكتبة إلى ثلاثة أقسام :

القسم الأول : المكتبة الشرقية .

القسم الثانى :  المكتبة العربية والأجنبية .

القسم الثالث : المكتبات المهداة .

ويستفيد المترددون على المكتبة بكافة محتوياتها من الكتب والمجلدات ودوائر المعارف والمعاجم المتخصصة فى اللغات الشرقية حيث بلغ عدد هذه الكتب والمصادر فى أقسام المكتبة الثلاثة حوالى 40000 عنوانًا، كما تقدم المكتبة خدماتها للباحثين والدارسين فى مجال الدراسات الشرقية وغيرها من التخصصات الأخرى مجانًا وبدون مقابل عدا مقابل رمزى لخدمة التصوير ، كما تفتح المكتبة أبوابها طوال أيام الأسبوع ( عدا يوم الجمعة ) من الساعة التاسعة صباحًا حتى الرابعة عصرًا .